皆さん、こんにちは。 エクストリームデザインの遠藤と申します。

DICOMのファイルを扱う場合dcmtkなどが有名ですが、Pythonのパッケージとして出ているPydicomというものもあります。

医療系の画像を扱う無料のパッケージとして貴重なので、今回使い方を試してみました。

第一回は、インストールから基本的な動作の確認まで。それでは行ってみましょう。

 

まずは対応するPythonのバージョンですが、公式ドキュメントによるとPython2.4〜2.6。

2.3の場合はpydicomのバージョン0.9.4未満とあります。

2.6と2.7で試してみましたが、どちらも動作したので、2.7でも非推奨ながら動作はするのかもしれません。

 

インストール方法は簡単、

# pip install pydicom

でOKです。

Macの場合、環境によって

$ sudo pip install pydicom

となるかもしれません。

 

うまくインストールできたか、pythonの対話モードで試してみます。

>>> import dicom

とし、エラーが出なければOKです。

ここで注意しなければいけないのは、「import pydicom」ではないという点です。

自分もここを間違えて、最初ハマりました^^;

 

ここまでできたら、確認に使う適当なDICOMファイルのpathを確認してください。

手元にない場合、JIRAなどからサンプルをダウンロード可能です。

http://www.jira-net.or.jp/dicom/dicom_data_01_02.html

 

動作確認に使うDICOMファイルが決まったら、再度pythonの対話モードを起動。

>>> import dicom
>>> ds = dicom.read_file("test.dcm")

これでエラーが出なければ、無事読み取り完了です。

この場合の”test.dcm”はカレントディレクトリに置いてある前提なので、必要に応じてFullPathを記載してください。

引き続き、dsと打つと、読み込まれたDICOMタグの一覧が表示されます。

>>>ds
(0008, 0008) Image Type CS: ['DERIVED', 'SECONDARY', 'SINGLE PLANE']
(0008, 0016) SOP Class UID UI: X-Ray Radiofluoroscopic Image Storage
...

これで動作確認ができました!

 

今回はPydicomのインストールから動作確認までをレポートしてみました。

次回は、基本的な使い方の確認をしてみたいと思います。

[Pydicom] Pythonで医用画像(DICOM)を簡単に扱う(2) 基本的なタグ処理編

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